دکتر پناهی با تکیه بر تخصص، عدالت، و جسارت در تصمیم‌گیری، ساختار اداری دانشگاه را از درون سامان داده و بسیاری از رویه‌های غیرشفاف و غیرکارآمد گذشته را اصلاح کرده است؛ از نحوه عقد قراردادها و تخصیص منابع گرفته تا نوع انتصابات در حوزه‌های بهداشت و درمان.؛